Sanktuaria chrześcijańskie, tak licznie rozsiane po całym świecie, są wielkim skarbem naszej religii, ponieważ są miejscem wyjątkowej obecności Boga oraz znakiem pielgrzymującego Kościoła i jego świętości. W życiu Kościoła odgrywają bardzo ważną rolę. Są szczególnym dobrem duchowym wiernych i ważnym czynnikiem integrującym życie religijne na płaszczyźnie ponad parafialnej. Dlatego ich istnienie także na terenie diecezji warszawsko-praskiej jest łaską, za którą winniśmy Bogu dziękować.

Przyczyny powstania sanktuariów są różne. Za fundamentalną wolno chyba uznać tajemnicze i suwerenne działanie samej Opatrzności. Bóg wybiera jakieś miejsce, dając w nim znak swojej interwencji. Tym znakiem jest święty przedmiot kultu. Najczęściej jest to obraz lub figura albo relikwie. Przedmiot ten staje się narzędziem w rękach Pana Boga. Przez niego udziela On ludziom nadzwyczajnych łask.

Zgodnie z definicją, „przez sanktuarium rozumie się kościół lub inne miejsce święte, do którego – za aprobatą ordynariusza miejscowego – pielgrzymują liczni wierni, z powodu szczególnej pobożności” (Kodeks Prawa Kanonicznego, kan. 1230). Ze względu na rangę, wyróżnia się sanktuaria diecezjalne – powstałe za aprobatą miejscowego ordynariusza, narodowe – zatwierdzone przez Konferencję Episkopatu oraz międzynarodowe – posiadające aprobatę Stolicy Apostolskiej (por. KPK kan. 1231 – 1232 § 1).

Zatwierdzenie kanoniczne następuje na mocy dekretu uznającego dane miejsce święte i jego specyficzny charakter. Dekret potwierdzający ustanowienie diecezjalnego Sanktuarium Świętego Ojca Pio w Warszawie na Gocławiu został podpisany 23 września 2017 roku przez arcybiskupa Henryka Hosera, ówczesnego biskupa diecezji warszawsko-praskiej.

Przedmiotem kultu w Sanktuarium Świętego Ojca Pio jest słynąca łaskami figura św. Ojca Pio, jak i Jego relikwie, których autentyczność została potwierdzona.

Sanktuarium powinno się wyróżniać pośród zwykłych ośrodków kultu ożywioną działalnością duszpasterską, zapewniającą wiernym nawiedzającym miejsce, obfitsze środki zbawienia (KPK kan. 1234 § 1). Stąd sanktuarium winno jaśnieć bogactwem życia liturgicznego, wyrażającym się przede wszystkim w celebrowaniu Mszy Świętej, głoszeniu słowa Bożego, posłudze sakramentu pokuty, adoracji Najświętszego Sakramentu, a także w kultywowaniu zatwierdzonych form pobożności ludowej, związanych z odbierającym cześć przedmiotem kultu. Tak też jest w Sanktuarium Świętego Ojca Pio.

Pieczę nad sanktuarium pełni ustanowiony przez biskupa kustosz. W przypadku sanktuarium przynależącego do parafii, kustoszem jest proboszcz parafii, aktualnie pełniący swój urząd. Do jego obowiązków należy nie tylko odpowiednie zabezpieczenie kościoła, a zwłaszcza Najświętszego Sakramentu oraz przedmiotów kultu, ale także gromadzenie danych historycznych dotyczących miejsca, opracowanie jego dziejów, ze szczególnym zwróceniem uwagi na historię kultu i dokumentowanie łask w nim otrzymanych.