W sanktuarium, miejscu szczególnego działania łaski Bożej, można zyskać odpusty (Wykaz Odpustów, nadanie 33 § 1, 4^o).

1. Najważniejszym jest odpust w uroczystość tytułu sanktuarium. W naszym sanktuarium jest to dzień liturgicznego wspomnienia św. Ojca Pio z Pietrelciny, prezbitera, przypadający 23 września. W Sanktuarium Świętego Ojca Pio jest on obchodzony jako uroczystość w sam dzień albo w niedzielę najbliższą tej daty – o czym decyduje kustosz.

2. Każdy wierny, zarówno parafianin, jak i gość, może raz w roku wybrać sobie jeden dzień, w który – kierując się osobistą pobożnością i po spełnieniu określonych prawem warunków – uzyska odpust zupełny.

3. Ponadto, ilekroć ktoś uczestniczy w pielgrzymce do sanktuarium, odbywającej się przy licznym udziale wiernych, także może uzyskać odpust.